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Das zentrale Anliegen der Forschung am IPK ist die Untersuchung der genetischen Vielfalt von Wild- und Kulturpflanzen mit dem Ziel, die Erkenntnisse, Methoden und das Pflanzenmaterial für eine effektivere und erweiterte Nutzung der Pflanze im Agrarbereich, aber auch als Ausgangsbasis von verbesserten und neuen Biomaterialien bis hin zu Pharmaka zur Verfügung zu stellen. Das Institut bezieht seine Stärke aus der Nutzung der enormen biologischen Vielfalt, die in seiner weltweit bekannten Kulturpflanzenbank, auch Genbank genannt, bewahrt, analysiert und genutzt wird. Neben diesem einzigartigen, biologischen Material kommen zur Erforschung und Analyse von wichtigen Prozessen der Evolution, Entwicklung und Merkmalsausprägung von Kulturpflanzen modernste und vielfältige Techniken der Gen- und Genomforschung zum Einsatz.