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Bodenorganismen sind höchstdivers und interagieren mit der Struktur und Dynamik von Pflanzengemeinschaften. Daher untersucht das Core Project 9 die Vielfalt der Bodenpilze im Zusammenhang mit Vegetation, geographischer Lage und Landnutzungsintensität entlang der Biodiversitätsexploratorien. In der ersten Projektphase lag der Schwerpunkt auf intensiver Nutzung der molekularen Werkzeuge (einschließlich 454 Sequenzierung), um die Analyse einer gewaltigen Menge von Proben zu optimieren. In aktueller Projektphase wird diese zeitlich und finanziell effizientere Methode an einer großen Probenmenge eingesetzt, um die vorhandene und real aktive Bodenpilzflora durch DNA- bzw. RNA-Analysen zu vergleichen.